Después del Cuarto Impacto, varados sin sus Evangelions, Shinji, Asuka y Rei encuentran refugio en uno de los raros focos de humanidad que aún existen en el arruinado planeta Tierra. Allí, cada uno vive una vida muy diferente a la de sus días como piloto de Evangelion. Sin embargo, el peligro para el mundo está lejos de terminar. Un nuevo impacto se avecina en el horizonte, uno que demostrará ser el verdadero final de Evangelion.